Luke Skywalker est inquiet : quelques chevaliers Jedi, y compris ses neveux Jacen et Jaina, ont disparu. Ils ont suivi un appel à l’aide qu’eux seuls pouvaient entendre provenant des Régions Inconnues. Puis, les Chiss se sont officiellement plaints en accusant les Jedi disparus de s’interposer dans leur conflit avec un ennemi non identifié.
Luke n’a pas le choix : il va dans les Régions Inconnues pour essayer de raisonner les chevaliers. Yan et Leia le suivent pour protéger leurs enfants d’une très grande menace. Mais aucun d’entre eux n’est préparé à ce qu’ils vont affronter.
Une colonie de mystérieux extraterrestres s’étend sur les frontières de l’espace chiss. Le chef de cette ruche est déterminé. Utilisant la Force, il incite de vieux amis à le rejoindre et de laisser la colonie se mêler à eux pour qu’ils puissent unir leurs pouvoirs malgré le fait que cela puisse mener à une guerre...
5 ans après la fin de la guerre, la galaxie se reconstruit peu à peu. Les Jedi sont disséminés dans la galaxie pour aider à combattre des pirates, trouver des planètes habitables pour reloger des espèces ou tout simplement aider à la reconstruction des bâtiments. Ils ont de plus en plus de mal à faire admettre au chef de l’Alliance Galactique, Cal Omas, que les Jedi ne sont plus à son service. Cela est d’autant plus difficile que l’Alliance à financer un Temple Jedi sur Coruscant ainsi que l’Académie Jedi sur Ossus. Le climat est d’autant plus tendu que les Bothans, mené par Reh’mwa, recherchent Zonama Sekot pour se venger des Yuuzhan Vong qui y vivent paisiblement. De plus, des dissensions de plus en plus fortes se font sentir au sein de l’ordre Jedi. Certains Jedi comme Corran Horn estiment que l’Ordre doit se battre aux côtés de l’Alliance Galactique. D’autres comme Kyp Durron pensent que les Jedi doivent suivre la Force, même si cela doit les amener à se battre contre l’Alliance Galactique.
Les chevaliers Jedi survivants de Myrkr ( Lowbacca, Zekk, Jaina et Jacen Solo, Alema Rar, Tahiri Veila, Tesar Sebatyne et Tekli) entendent un appel venant des Régions Inconnues. Ils décident d’y partir sans prévenir le Conseil Jedi. Ils arrivent sur Qoribu, une planète à la frontière chiss, dans le système de Guyvel. Là, une ruche de Killik est attaquée par les Chiss. Le dirigeant de cette ruche n’est autre que Raynar Thul que tout le monde pensait mort sur Myrkr. Les jeunes Jedi décident de se battre contre les Chiss. Ces derniers détruisent toute la nourriture de la ruche de Qoribu pour affamer les insectes. Lors d’un assaut, Lowabacca est fait prisonnier par les Chiss. L’Aristocra chiss Mitt’Swe’Kleoni se plaint de cette intrusion auprès du Conseil Jedi puis de Cal Omas. Mara Jade et Luke Skywalker décident de demander l’aide de l’Aristocra Formbi pour avoir plus d’informations sur la situation.
De leur côté, Leia et Yan Solo trouvent enfin une planète parfaite pour les Ithoriens, Borao. Mais ils sont pris de vitesse par une autre équipe qui s’approprie la planète pour une autre compagnie. Kyp leur apprend ce qui se passe avec les jumeaux. Les Solo décident alors de partir dans les Régions Inconnues en compagnie des époux Skywalker, de Saba Sebatyne et du jeun Ben Skywalker. A 8 ans, le jeune garçon refuse la Force. Ses parents pensent que c’est à cause de ce qu’il a pu ressentir pendant la guerre. Ils ont décidé d’emmener Ben partout où ils allaient en mission. En chemin, ils rencontrent Jae Junn et son copilote, Tarfang. Ils acceptent de montrer le chemin de la ruche principale par admiration pour les exploits de Yan. Ils trouvent une ruche nommée Yoggoy. Ils y rencontrent Raynar qui se fait appeler Unu Thul. Les Maîtres Jedi s’aperçoivent qu’il est sous l’emprise de la Volonté de la ruche et parle toujours à la première personne du pluriel. Ils apprennent que les jeunes Jedi ont sûrement été endoctrinés par la ruche et ont été "absorbés" : ils obéissent à la Volonté sans même savoir que les ordres qu’ils suivent vienent d’elle. En allant voir la carcasse de l’appareil dans lequel Raynar s’est écrasé en fuyant Myrkr, les Solo et les Skywalker sont attaqués par des Killik. Raynar nie catégoriquement toute attaque venant de la ruche. Il leur apprend que ce que voit ou sait un killik, tous les autres le voient et le savent aussi. Leia a une vision de Jacen dans l’appareil. Il avait réussit à prévoir que ses parents allaient venir et leur a envoyé un message à travers la Force et le temps : il faut aller sur Qoribu. Raynar apprend aussi aux Solo que les Killik ont été la première espèce à vivre sur Alderaan. D’ailleurs, la toile de Leia, "Killik Twilight" d’Ob Khaddor représente la première colonie killik, Oroboro. Les Killik disent aussi avoir créé la Gueule.
Le Faucon Millenium et l’ Ombre de Jade subissent une nouvelle attaque killik. Le vaisseau de Junn et Tarfang est détruit. Heureusement, Yan les récupère à temps à bord du Faucon. En arrivant sur Qoribu, les maîtres Jedi sont effrayés par la façon dont les chevaliers partagent les mêmes pensées. Ils finissent les phrases des uns et des autres et tous sont prêts à se battre pour la colonie.Ils parlent tous en employant la première personne du pluriel. Seul Jacen reste en dehors de la conversation. Luke leur ordonne de retourner sur Ossus mais les chevaliers refusent. Après une visite de la ruche, Tekli, Tesar, Jacen et Tahiri acceptent de repartir avec les Skywalker. Les Solo décident de rester auprès de Jaina. Saba reste aussi sur Qoribu pour enquêter. Elle ressent la présence d’un autre humain et le traque. Ce dernier l’attaque avec un sabre laser. Il s’agit de Welk, le Jedi noir qui avait trahi le commando de Myrkr. Après un long et difficile combat, la Barabel s’incline. Welk avait appelé des Killik à se joindre à lui pour la combattre. Il réussit à fuir. Saba réussit à retrouver les Solo. Comme elle est grièvement blessée, ils décident de la ramener au plus vite sur Ossus. Alema se joint à eux tandis que Zekk et Jaina restent dans la ruche. En chemin, Alema sabote le Faucon. Les Noghris et Leia réussissent à la maîtriser avec des tranquillisants. La jeune Jedi est totalement sous l’emprise de la Volonté. Le Faucon doit s’arrêter sur Ryloth pour réparer. Les Solo s’aperçoivent qu’elle serait parfaite pour les Ithoriens.
Luke s’inquiète pour R2D2. Le petit droïd fonctionne de plus en plus mal. En cherchant ce qui ne va pas, Luke tombe sur une holovideo d’Anakin Skywalker. Il parle d’un cauchemar qu’il a fait avec une jeune femme brune. Luke veut en savoir plus mais R2 refuse de continuer de diffuser l’enregistrement. Le maître Jedi décide alors de faire appel à un expert, Ghent. Ce dernier lui annonce que R2 pense le protéger et que c’est pour ça que le droïde ne veut pas donner plus d’informations. Le seul moyen serait de retirer la personnalité du droïde. Ghent réussit à sortir un autre fragment holographique. Il s’agit du jeune Obi Wan Kenobi qui discute avec une jeune femme nommée Padmé. Il lui dit qu’il sait ce qui se passe entre elle et Anakin. Luke comprend alors qu’il s’agit peut être de sa mère.
De leur côté, les jeunes chevaliers revenus avec les Skywalker sont examinés par Cilghal. Elle s’aperçoit que des hormones produites par les Killik ont changé la morphologie des cerveaux des Jedi. Cela explique pourquoi ils sont reliés à la Volonté. Ils sont incapables de savoir si ce qu’ils pensent vient de la ruche ou d’eux-mêmes. Seul le cerveau de Jacen n’est pas examiné car il joue avec les outils de Cilghal. Après ces examens, les chevaliers sont libres. Tesar va voir la mère de Raynar pour lui annoncer qu’il est en vie et à besoin de son aide. Elle dirige une puissante compagnie marchande qui pourrait être utile aux Killik. Jacen va rendre visite à Tenel Ka. Il fait appel aux sentiments qu’ils ressentaient quand ils étaient plus jeunes pour qu’elle envoie la flotte hapane défendre les Killik. Elle finit par accepter.
Pendant ce temps, l’Aristocra Formbi accepte de venir sur Ossus pour discuter avec les Skywalker. Il leur explique que les Chiss surveillent les Killik depuis des centaines d’années. Depuis que Raynar les commande, ils ne cessent de s’agrandir et se préoccupent du devenir de leur peuple, ce qui n’était pas le cas auparavant. 2 des 9 familles dirigeantes chiss ont été "absorbées" par les Killik. De plus, Formbi pense que l’Empire de la Main a disparu aussi sous la masse killik. Leur discussion est interrompue par un message de Leia qui leur annonce que Saba a été attaquée et qu’ils sont peut être en danger. Mara se souvient alors de Ben, lui disant qu’il avait un ami killik à la maison. Elle avait d’abord pensé qu’il s’agissait d’un droïde que l’enfant construisait. Elle va dans leurs appartements pour en avoir le cœur net et est attaquée par un killik. Ben empêche sa mère de le tuer en disant que c’était son ami et qu’il s’appelait Gorog. Gorog est capturé et Cilghal décide de l’étudier. Elle s’aperçoit que Gorog avait une très forte connexion avec Alema mais moins avec les autres. Le maître Jedi en arrive à la conclusion qu’il existe deux Volontés : une consciente, menée Raynar et une inconsciente, sombre, menée par Welk. La Volonté de Raynar (les Killik) serait incapable de savoir que ce fait la Volonté Sombre (les Gorog). Cela expliquerait pourquoi Raynar a nié toutes les attaques contre les Jedi. Les Jedi pensent donc qu’il existe une Ruche Sombre qui désire la guerre.
Omas arrive sur Ossus. Il demande des explications aux Jedi au sujet de la flotte hapane alors que les Jedi n’étaient même pas au courant. Jacen annonce que c’est une force de dissuasion alors que tout le monde se rend compte que cela va provoquer une guerre. Leia propose de donner Ryloth à Raynar pour que les Killik la colonise et que les Chiss ne se sentent plus menacés. En échange, Omas doit donner Borao aux Ithoriens. Omas accepte le marché.
Alema fuit avec Gorog pour rejoindre la Ruche Sombre. Les Skywalker les suivent à bord de leurs StealthX, les remplaçants des X-wing, tandis que les Solos sont à bord du Faucon avec Octa Ramis, Saba, Kyp et Kyle Katarn. La Ruche Sombre se cache dans la lune glacée de Qoribu, Kr. Les Skywalker sont les premiers sur les lieux. Ils sont obligés de quitter leurs vaisseaux et sont attaqués par des centaines de Gorog. Ils se retrouvent face à Alema. Elle se bat contre Luke mais réussit à fuir. Les Gorog ne cessent d’affluer. Les maîtres Jedi sont obligés de s’enfoncer de plus en plus profondément dans la lune. Ils découvrent une nursery où les larves gorog mangent des Chiss. Mara est grièvement blessée lorsqu’elle couvre Luke tandis que celui-ci se bat contre Welk. Le combat est long et Luke refuse de tuer Welk en utilisant la Force. Après des parades astucieuses, Luke tue le Jedi noir.
Leia n’arrive pas à convaincre les Chiss et les Hapans d’éviter le conflit. Le combat débute entre les deux flottes. Les Killik joignent leurs forces à la flotte hapane.
Jaina et Zekk se rendent compte qu’ils sont manipulés. Ils arrivent à fuir et vont chercher Lowbacca. Ils s’aperçoivent que la flotte chiss va écraser les Killik et leurs alliés. Or, si Raynar meurt, plus personne ne contrôlera les Killik. Ils décident alors d’aider Raynar.
Le Faucon atterrit sur Kr pour aller chercher les Skywalker. L’équipage arrive à les trouver en se frayant un chemin dans les nuées de Gorog à coups de détonateurs thermiques. Tandis que Ramis, Durron, Katarn et Saba libèrent les Chiss de la nursery, Luke soigne Mara. Il est bientôt relayé par des soigneurs killik qui sont amenés par Raynar. Il est accompagné par Jaina et Zekk. Après des négociations difficiles, Leia arrive à convaincre Raynar de l’existence de la Ruche Sombre en lui montrant la nursery. Il accepte d’installer les Killik sur Ryloth. Les Chiss sautent dans l’hyperespace.
Un mois après ces évènements, le vaisseau hapan Kendall a été rempli par les Killik. Ils y ont construit leur ruche. Jaina et Zekk se sont rapprochés. Yan ne s’y retrouve plus dans les liaisons de sa fille. Jagged Fel faisait partie de la flotte qui a attaqué Qoribu. Jaina l’avait prévenu que la Ruche organisait une embuscade. Grâce à elle, la flotte chiss a été épargnée. A cause de cela, Jaina et Zekk ne peuvent plus aller sur les ruches car les Killik considèrent qu’ils les ont trahis. Jag appelle Jaina pour la remercier et montre clairement qu’il est jaloux de Zekk. En effet, Jaina et Zekk n’ont toujours pas cessé de partager le même esprit au sein de la Force. Fel le voit clairement lorsque les jeunes Jedi complètent les phrases de l’un et l’autre. Leia décide de suivre une formation de Jedi. Elle demande à Saba de devenir son maître. La Barabel accepte.
Plusieurs interrogations demeurent : qu’est devenue Alema ? Et surtout, si Welk et Raynar ont survécu, qu’en est-il de Lomi Plo ?
Ce roman ouvre une nouvelle page de l’Ordre Jedi. Il est très complet et promet une belle suite. On peut regretter toutefois que Jagged Fel, très développé dans le Nouvel Ordre Jedi, n’apparaisse ici que quelques pages. Le climat, notamment à cause des incessantes disputes entre les maîtres Jedi, est sombre. Tous les héros, surtout Luke et Leia, semblent avoir du mal à tourner la page après la guerre et à trouver le chemin qu’ils doivent suivre. Bref, fini les Jedi synonymes de super-héros, ils sont présentés ici comme des êtres vivants avec leurs doutes et leurs erreurs.